Faktor ekonomi Pondok Pesantren Al Furqon masih banyak ditopang dari SPP dan donasi. Dengan upaya peningkatan kemandirian ekonomi dan kemampuan pengelola dan santrinya akan membuat pondok ini menjadi lebih tangguh dalam menghadapi masa depan.
Oleh karena itu, Dosen Program Studi Agribisnis Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY), Zuhud Rozaki bekerjasama dengan Mohd. Fauzi Kamarudin dari Universiti Teknikal Malaysia Melaka (UTeM) dan Yudhi Pamudya dari Politeknik LPP Yogyakarta, lakukan pengembangan keterampilan wirausaha pada santri guna mendukung ketahanan ekonomi pondok pesantren.